A história da educação superior de Timor-Leste começou ainda no tempo da ocupação da Indonésia, quando a 1 de outubro de 1986, foi fundada a Universitas Timor Timur (UNTIM), por iniciativa do Eng.º Mário Viegas Carrascalão, timorense, eis-Governador da Província de Timor Timur que trabalhava na Organização das Nações Unidas (ONU) e que foi nomeado pelo governo Indonésio.
Esta instituição de ensino superior privada estava vocacionada para a formação de gestores intermédios, técnicos agrícolas, professores do ensino pré-secundário e secundário. Contava então com quatro faculdades: Faculdade de Agricultura; Faculdade de Política Social; Faculdade de Educação e Faculdade de Economia e Gestão.
A Universidade Nacional Timor Lorosa´e (UNTL) foi a primeira e única universidade pública do novo país de Timor-Leste, tendo sido fundada em 17 de Novembro de 2000 como resultado da reorganização e fusão da Universitas Timor Timur e da Politeknik Dili, sob a direção do Reitor Armindo Maia. No processo de fusão, tanto o ensino técnico superior, quanto o académico passaram a ser ministrados pela UNTL.
A Faculdade de Agricultura era uma unidade orgânica da UNTL tendo sido fundada na mesma data da fundação da Universidade Nacional Timor Lorosa’e (UNTL). Esta Faculdade é a conversão de Fukultas Pertanian, Universitas Timor-Timur (UNTIM) no período da ocupação da Indonésia. A Faculdade de Agricultura começou com três departamentos, a saber: Agronomia, Agro-sócio-Economia e Agro-Pecuária. Em 2010 criou o Departamento de Saúde Animal e em 2017 criou outro departamento que é o Departamento de Pescas e Ciências Marinha, totalizando cinco departamentos ou cursos.